Trung tâm Y tế huyện Dầu Tiếng là tổ chức thuộc Sở y tế, chịu sự quản lý, chỉ đạo và hướng dẫn, thanh tra, kiểm tra của Giám đốc Sở y tế về chuyên môn, nghiệp vụ, kinh phí, nhân lực y tế; chịu sự quản lý, chỉ đạo của Uỷ ban nhân huyện Dầu Tiếng, trong việc xây dựng kế hoạch phát triển y tế của huyện để trình cơ quan có thẩm quyền và chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện kế hoạch đó sau khi được phê duyệt.